Столичная газета «Советская культура» писала в ноябре 66-го: «В самом центре города, на улице Красной появилось новое здание. Это театр оперетты, построенный по проекту кубанского архитектора Титова. Театр не только красив, но и удобен. Здесь отличный зрительский зал на тысячу четыреста мест, сцена оборудована по последнему слову техники, уютные рабочие комнаты и репетиционные залы, прекрасный свет, есть кондиционер». В журнале «Архитектура СССР» отмечали, что оборудование сцены позволяет ставить спектакли любого жанра.

Здание нового театр построили на месте бывшего кинотеатра «Колосс», где и располагалась труппа театра музкомедии. В 1964-м году в здании произошел пожар. Хотя зал, сцена, декорации и костюмы – остались целыми, после оценки всех повреждений комиссия вынесла решение не восстанавливать здание, а на этом же месте построить новое. 

Два с половиной года длилась кочевая жизнь артистов, количество гастрольных спектаклей доходило тогда до 28 в месяц. И, наконец, в 1966-м впервые был поднят занавес Краснодарского краевого театра оперетты. Открывали сезон веселым концертом-обозрением «У нас — новоселье!» и комедией кубанских авторов Виталия Бакалдина и Евгения Алабина «Горная ромашка».

Одной из ярких премьер 1966-го года была опера «Евгений Онегин» в постановке режиссёра Тамары Давыдовны Гогавы. Роль Татьяны исполнила первая обладательница звания «Народный артист Кубани» Евгения Белоусова. Та самая актриса, чей портрет изображен на этикетке популярного в Советском союзе десертного вина «Улыбка».

В 1970 году театру присвоили первую категорию, что позволило в два раза увеличить штат сотрудников. В 1972 году в театр пришел и Юрий Дрожняк. Обладатель яркой внешности, благородной стати и великолепного голоса с первых спектаклей навсегда украл сердца зрителей. После спектаклей на ступенях театра выстраивалась очередь поклонников его таланта. Люди дарили цветы и хоть несколькими словами старались перекинуться с артистом.

90-е годы были для театра трудными. Финансирование резко сократили, государственная гастрольная деятельность была разрушена. На постановку спектаклей театрам отводилась ничтожная сумма, не хватало не на декорации, не на зарплату артистам. В это время главным режиссером театра становится Юрий Дрожняк. Спасая театр от пустоты зала, от развала труппы в лихие годы, он ставит  20 спектаклей. Один из них — «Фиалка Монмартра», живет в театре до сих пор. 

Рассказывает народный артист России, обладатель премии Золотая маска, Юрий Дрожняк:

— Как раз пригласили молодежь, хорошие ребята пришли в театр, интересные в вокальном отношении и в актерском, они набирали силу и опыт уже работая непосредственно в театре. И в 2001 году поставили в августе «Фиалка Монмартра». Нельзя сказать, что это очень богатый, костюмированно-богатый спектакль. Писаные декорации, вдалеке Париж тоже писаный, фонтан, который бил настоящей водичкой, но фонтан небольшой. Так случилось, что этот спектакль, слава Богу, до сих пор живет, а я на протяжении 21 года — единственный исполнитель роли Фраскатти — министра изящных искусств.

В 1997 году театр снова меняет статус и становится Музыкальным театром. Это решение дарило кубанской столице оперу и балет, но отодвигало «хозяйку сцены»  - оперетту. Реформирование, прежде всего, коснулось балетной труппы. Она была крепкой, но не многочисленной. Выпускник ГИТИСа, балетмейстер Владимир Пак набрал тогда 30 талантливых молодых артистов из Санкт-Петербурга, Новосибирска, Саратова. 

И 14 декабря 1996 года в Краснодаре состоялась историческая премьера - «Дон Кихот» Минкуса, один из популярнейших и сложнейших балетов мирового репертуара.

В сентябре 1998 года художественным руководителем Музыкального театра назначают Дмитрия Саетовича. Он приглашает из Большого театра известного дирижёра, народного артиста РСФСР, лауреата Государственной премии России Фуата Мансурова. Расчёт был точен: приход выдающегося музыканта современности, человека уникальной культуры и широкого художественного мышления – не мог не повлиять на общую художественную атмосферу театра.

В начале двухтысячных в театре прогремели сразу несколько ярких постановок. Оперетта «И вновь цветет акация…»  участвовала в главном театральном событии – Национальном театральном фестивале «Золотая маска». Дирижер Георгий Аверин получил эту престижную премию в номинации «Лучший дирижёр».

Весной 2001 года впервые в истории театра прозвучало «соло хора». При художественном руководстве Фуата Мансурова хор исполнил сложнейшее произведение Карла Орфа «Кармина Бурана». 2002-й год стал для театра поворотным. Музыкальный театр был передан в подчинение  Краснодарскому краевому государственному  творческому  объединению «Премьера»,  которым руководил выдающийся деятель культуры России Леонард Григорьевич Гатов.